Недостатком чернил на основе красителя является то, что они не являются водостойкими, а поскольку молекулы красителя быстро разлагаются под действием ультрафиолетового излучения, очевидно, что они выцветают в течение одного месяца после использования на открытом воздухе под воздействием ультрафиолетового излучения.
Недостатком является то, что большинство пигментных чернил оставляют на поверхности остаточные цветные вещества. Поэтому даже печать на глянцевой бумаге и другой бумаге с плоской поверхностью не может печатать глянцевые изображения, поэтому вещи, напечатанные пигментными чернилами, обычно не имеют блеска. Кроме того, себестоимость пигментных чернил выше, поэтому цена продажи также выше, чем у красящих чернил, а разница в цене более чем в два-четыре раза.
